Quando dal porticato si passa nella parte centrale della chiesa, prima di tutto colpisce la grandezza e l’aspetto solenne di questo spazio. Tutte le pareti e le volte sono affrescate. Nel naos sono presenti 16 grandi cicli e un gran numero di santi ritratti in piedi a figura intera. Nella parte alta delle ampie colonne, a destra e a sinistra, vediamo Cristo e la Madonna.

Il Cristo, fatto insolitamente raro, è raffigurato con in mano una spada che rappresenta la lama che taglia via i peccati, mentre la Madonna è ancora una volta dipinta come intercedente davanti a Cristo: nella prima fila intercede per il fondatore di Dečani, la cui tomba si trova nelle vicinanze, ed anche per ogni devoto che entri nella chiesa.

Il sarcofago di Stefano di Dečani si trova nella zona ovest della navata meridionale, insieme alla cappella di San Nicola, sopra la cripta in cui hanno riposato i resti terreni del re fino all’inizio del processo di canonizzazione, nel 1343. La forma del sarcofago a sinistra riprende le sembianze del re, solo più basso e più piccolo. Al suo interno, secondo la tradizione, riposa Sant’Elena serba, sorella del santo re Stefano di Dečani, imperatrice bulgara e in seguito monaca.